サポートからの連絡では、現象を確認したとのことで、対応を協議するようです。推測ですがATRACのコーデックの非互換というようなレベルの問題なのでしょうか。ネット上ではほかにこのような現象に遭遇したユーザは見あたらないので、レアケースなのかもしれません。
はやく、問題なくMDステレオ(MDSP)の再生が出来るようになれば良いのですが。未だ対応（対策の決定？）待ちです。